实验室已经建立了对外合作交流运行机制、运行管理机制、开放项目管理等制度，并形成管理文件共19项。

纳微生物医学检测重庆市工程实验室章程

纳微生物医学检测重庆市工程实验室工作条例

纳微生物医学检测重庆市工程实验室学术委员会工作规范

纳微生物医学检测重庆市工程实验室管理委员会工作条例

纳微生物医学检测重庆市工程实验室实验室主任工作条例

纳微生物医学检测重庆市工程实验室科研项目及其成果管理规定

纳微生物医学检测重庆市工程实验室组织人事管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室技术合同管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室安全工作管理规定

纳微生物医学检测重庆市工程实验室科技成果转化管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室设备管理条例

纳微生物医学检测重庆市工程实验室科学技术保密细则

纳微生物医学检测重庆市工程实验室开放基金管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室大型仪器设备开放使用管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室实验场地管理办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室创新团队管理办法（试行）

纳微生物医学检测重庆市工程实验室科研工作档案管理暂行办法

纳微生物医学检测重庆市工程实验室国家级科研项目经费使用实施办法（试行）