页岩气勘探开发协同创新中心以以石油与天然气工程学院为核心，以重庆市页岩气开发及关联产业重大需求为导向，以石油与天然气工程重庆市重点学科为基础，以高级应用型人才培养为根本，在页岩气勘探开发领域关键技术研究过程中逐渐形成的。

2012年，联合机械与动力工程、电气与信息工程和化学化工学院等共同组建了页岩气开发研究中心，围绕重庆页岩气地质特征、页岩物性及流动规律、页岩井壁稳定性等开展研究；石油与天然气工程领域开始自主招收硕士研究生。

2014年，依托页岩气开发研究中心，协同重庆地质矿产研究院、中国石油勘探开发研究院、中国石油钻井技术研究院等组建了页岩气勘探开发校级协同创新中心；获批重庆市高校非常规油气田开发重点实验室；获批校内重大专项建设页岩储层物性研究实验室；获国家科技进步特等奖。

2015年，石油与天然气工程获批重庆市三特行动计划特色学科专业群；联合中国石油东方地球物理公司，建成重庆高校唯一大型物探联合实验室；获中石化科技进步一等奖；石油与天然气工程“十二五”市级重点学科验收获评优秀。

2016年，获批中地方共建项目建设页岩储层可压裂性评价实验室；获批复杂油气田开发理论与技术重庆市高校创新团队；地质资源与地质工程获批校级“十三五”重点学科。